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合肥高新区人民法院因应开发区发展需要而产生，由合肥中院原经济审判三庭发展而来，1995年3月经最高院批准设立，1997年1月正式挂牌办案。2013年底，合肥市编办下文，明确该院机构性质为合肥中院的派出机构，行使基层人民法院职权。

该院地域管辖包括合肥高新区和经开区，目前辖区面积205平方公里[其中，高新区123平方公里，经开区82平方公里（不含高刘镇185平方公里）]，辖区面积由建院之初不足10平方公里扩大至目前200多平方公里。辖区常住人口也由建院之初不足2万增长至近80万。截至2013年底，两个国家级开发区共拥有各类企业16243家（其中，高新区8951家，经开区7292家），规模以上工业产值和综合财政收入均占全市40%以上。

该院目前内设机构12个和1个派出人民法庭，即政治处、办公室、法警大队、立案庭、刑事审判庭、行政审判庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、审判监督庭、执行局、审判管理办公室和明珠人民法庭。

在案件管辖方面，该院除了行使基层人民法院管辖的一般案件职权外，还管辖除芜湖市以外安徽省其他地区相应的涉外民商事案件以及合肥市范围内争议标的额50万元以下的知识产权民事案件。2011年，该院成为安徽省首家试行知识产权民事、刑事和行政案件“三审合一”的法院，由民事审判三庭统一审理合肥市范围内相应的知识产权民事、刑事和行政案件。

该院收案数从最初全年收案380件增长至2014年的5586件，年收案数增长了14.7倍。特别是自2008年以来，收案数呈高速增长势头，全院收案数由2008年的1312件增长至2014年的5586件，增长了325.76%；年结案率均超过98%；一线审判人员人均结案数由2008年的69件提升到2014年的261件，增加了192件；个人最高办案数达387件。